4 мая 1887 года под председательством Бернардо Сото был создан Национальный музей с целью предоставить стране государственное учреждение для хранения, классификации и изучения произведений природы и искусства.
С первых лет своего существования музей был ориентирован на научные исследования, образование, экспозицию и защиту культурного и природного наследия.
За более чем сто лет своего существования он занимал четыре разных здания. С 1950 года и по сей день Национальный музей располагался в помещениях старых казарм Беллависта.
Экскурсия по городу Сан-Хосе должна включать описание того, что произошло в крепости Беллависта в 1948 году. Именно здесь Хосе «Пепе» Фигерес Феррер упразднил армию после того, как возглавил последний из многих переворотов в военном прошлом Коста-Рики.