Болгарские, румынские, шведские доктора назначают иссоп при многих заболеваниях, используя ее противовоспалительные и антисептические свойства. Также применение иссопа лекарственного популярно в народной медицине . Считается источником ценного эфирного масла, нормализующего работу нервной системы.
Используется в кулинарии.