В QGIS легко посчитать количество объектов разных категорий внутри расположенных внутри полигональных объектов другого слоя.
Например, количество деревьев различных видов внутри кластеров или административных границ.
В расчетном слое должно быть поле с номером/название кластера. Если его нет, то можно добавить с помощью инструмента "Объединение атрибутов по расположению".
А затем инструментом "Статистика по категориям" посчитать количество объектов по кластерам.